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科研進(jìn)展 - 福建農(nóng)科院與廣東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院在白肉靈芝全基因組研究上取得新進(jìn)展

發(fā)布時間:2022-10-20

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近日,福建農(nóng)科院食用菌研究所陳體強(qiáng)研究員團(tuán)隊與廣東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院蔬菜研究所何煥清研究員團(tuán)隊合作完成白肉靈芝Ganoderma leucocontextum strain H4的全基因組測序、組裝與注釋分析。該項目從雙核菌絲體提取總DNA,采用Nanopore三代測序,組裝得到的基因組由66條無gap的Scaffold構(gòu)成,序列總長54.027Mb;用于組裝糾正的二代測序數(shù)據(jù)(5,800Mb,Illumina Hiseq)覆蓋率達(dá)98.98%,BUSCO評估基因組完整性 BUSCOs (C) 比例達(dá)97.62%;該基因組編碼16,257個基因,目前獲得功能注釋的基因總數(shù)達(dá)14,189(總注釋率87.28%)。已知白肉靈芝原產(chǎn)于中國西南川藏高原地區(qū)的重要靈芝種類,2014年作為靈芝復(fù)合種(G. lucidum complex)的一個新成員發(fā)表在MYCOSCIENCE上。2017年,廣東農(nóng)科院蔬菜所開始在西藏林芝地區(qū)的白肉靈芝基地進(jìn)行段木種植與代料袋栽試驗,選育得到H4等栽培菌株。2021年11月,廣東省微生物研究所發(fā)表在G3(Gene |Genome |Genetics|)上的白肉靈芝單核化菌株DH-8的單倍體基因組,序列總長為50.05Mb由58條Scaffolds構(gòu)成,預(yù)測到13,390個基因,BUSCOs完整率為96.55%。NCBI數(shù)據(jù)庫顯示該基因組大小為49.523Mb(GenBank: GCA_020736865.1),相當(dāng)于本研究完成的白肉靈芝基因組的單倍體長度49.2Mb(Genome Scope評估)。目前,兩院合作研究取得的進(jìn)展除獲得高質(zhì)量白肉靈芝基因組外,還將前期完成的紫芝S2基因組的注釋率從78.89%提高到91.41%,為后續(xù)開展中國栽培靈芝的比較基因組學(xué)分析,及紫芝與白肉靈芝特有基因家族的挖掘與利用奠定基礎(chǔ)。

來源|福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院


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